Kerjasama bilateral Indonesia-Belanda dalam bidang Sains, Riset dan Teknologi diperbaharui dengan penandatanganan Memorandum of Understanding dan Agreed Minutes untuk kerjasama bidang Sains, Riset dan Teknologi antara Menegristek dan Minister of Education and Science Belanda, pada tanggal 11 Februari 2002. Jangka Waktu Kerjasama tersebut diatas berlaku antara Februari 2002-Februari 2007.

Bidang-bidang kerjasama Riptek Indonesia-Belanda berdasarkan MoU yang ditandatangani:
- Agriculture and Food Technology;
- Biotechnology
- Information Technology and Communication
- Marine and Coastal research;
- Energy
- Science and Technology Policy and Management
- Empowering Small and Medium Enterprises (SMEs).
- Social Sciences and Humanities (including intereligius studies)
- Sustainable Development
- Environmental and Natural resources management.
- Global Change;
- Aerospace Technology;


Berdasarkan penandatangan MoU tersebut diatas telah dilakukan 3 kali pertemuan Joint Working Committee (JWC), dimana pada pertemuan JWC yang ke 3 di Jakarta pada tahun 2005 telah dicapai beberapa kesepakatan diantaranya:
1. Melakukan pertukaran informasi yang berkaitan dengan program-program Riptek bilateral Indonesia-Belanda, serta pertukaran keahlian dan konsultasi kebijakan antar ke dua negara.
2. Melakukan Mapping Exercises yang meliputi keterkaitan antara akademisi dan industri, serta initiative yang melibatkan mitra dari kedua Negara.
3. Menyelenggarakan Open Science meeting tiap dua tahun sekali
4. Memapankan program Twinning System untuk:
- mencari informasi mengenai perkembangan Iptek, pola-pola kemitraan, kebutuhan riset, serta kekuatan IPTEK di kedua negara,, dan untuk menjajagi program-program (WOTRO, SPIN, RISTEK dan DIKNAS);
- memfasilitasi pencarian mitra dan penguatan jaringan Iptek; melibatkan mitra twinning system dalam pelaksanaan kegiatan bersama sebagaimana tersirat pada point III diatas; bekerja sama dengan mitra JWC dalam kegiatan-kegiatan kerjasama multilateral dengan Uni Eropa;
- merencanakan financial arrangements di antara anggota JWC members.

5. Melakukan Capacity Building di bidang S&T dengan melibatkan mitra dari kedua negara, serta menjajaki kemungkinan pendanaannya
6. Melakukan I-Research, dengan menggalang partisipasi dari lembaga Riset, IPTEK di Indonesia, untuk pembuatan Sistem Informasi IPTEK (world-wide), dengan tujuan untuk meningkatkan linkage basis data peneliti-peneliti di Indonesia dan Belanda, serta untuk mengkoordinasikan proyek-proyek dan publikasi.
7. Meningkatkan publikasi ilmiah dalam Open Access Journals.

Implementasi dari kesepakatan tersebut diatas sampai saat ini sudah tercatat beberapa kegiatan kerjasama antara lain:
1. Melalui program insentif RUTI, tercatat 10 kerjasama scientific research antara kelompok peneliti Indonesia dan kelompok peneliti Belanda, dalam bidang Pertanian, Kesehatan, ICT, Kelautan dan Lingkungan.
2. Merupakan bagian dari SPIN-KNAW dan NWO-WOTRO program, pihak Belanda telah melakukan the East Kalimantan Program for Coastal Zone Research The Netherlands-Indonesia (EKP) dengan counterpart dari LIPI, yang dimulai pada tahun 2003 (pilot phase) dan dilanjutkan dengan main phase pada tahun 2005 (untuk 4-5 tahun mendatang). Oleh karena itu pihak Belanda mengharapkan LIPI sebagai coordinating institute untuk bidang coastal and marine research.
3. Melalui the Scientific Program Indonesia- Netherlands (SPIN), KNAW mengkoordinasikan dan mengimplementasikan kerja sama jangka panjang dalam scientific research antara kelompok peneliti Indonesia dan kelompok peneliti Belanda.

Untuk periode 2000 -2004 SPIN memfokuskan 6 (enam) program prioritas (Priority Program) untuk jangka panjang ditambah Mobility Program untuk training jangka pendek dan pertukaran kunjungan. Enam Priority Program tersebut adalah:
a. Indonesia in transition (Culture and Society)
b. Applied Mathematics
c. Biotechnology
d. Infectious Diseases (Medical Sciences)
e. Islam in Indonesia (Religious Studies)
f. Legal Research Cooperation

Dari program SPIN tersebut tercatat 10 kerjasama scientific research antara kelompok peneliti Indonesia dan kelompok peneliti Belanda dalam bidang sosial, Bio-Refinery, Natural Biodiversity,

Selama tahun 2006, Menteri Pendidikan, Kebudayaan dan Iptek Belanda, H.E. Maria J.A. van Der Hoeven telah dua kali mengunjungi Indonesia. Dalam kunjungannya yang terakhir ke Observatorium Bosscha di Lembang (Maret 2006), Menteri Maria van Der Hoeven memberikan hibah sebesar 50 ribu Euro.


Pada pertemuan Menegristek dengan Menteri Maria van Der Hoeven pada bulan September 2006, disepakati untuk memfokuskan kerjasama pada Agriculture Beyond Food (Sugar Cane dan Jathropa curcas), yang mencakup Bioteknologi (bibit unggul, pangan, energi, obat) dan Infrastruktur (pengairan, transportasi dan distribusi). Pertemuan Joint Working Committe Indonesia-Belanda yang ke-4 diharapkan dapat dilaksanakan pada kuartal pertama tahun
2007.