Dasar kerjasama Indonesia dan Jepang dalam bidang Iptek adalah Agreement between the Government of the Republic of Indonesia and the Government of Japan on Scientific and Technological Co-Operation yang ditanda-tangani pada tanggal 12 Januari 1981 di Jakarta, serta diratifikasi 7 April 1981 (Kepres RI No.11/1981).

Bidang-bidang Kerjasama yang disepakati adalah pada bidang Kelautan, Energi, Kesehatan, Pertanian, Ilmu Kebumian (Geosciences), Arsitek dan Teknik Sipil, Kedirgantaraan, Meteorologi, Telekomunikasi, IPTEK untuk mendukung basis perkembangan industri, dan Sistem Pengolahan Data untuk Informasi Ilmiah.

Dalam rangka menindak lanjuti "Japan - Indonesia Joint Statement : Partners for New Challenges" yang ditandatangani setelah pertemuan antara Presiden RI Susilo Bambang Yudhoyono dan Perdana Menteri Jepang, Junichiro Koizumi pada tanggal 2 Juni 2005 di Tokyo, telah disepakati kerjasama "Joint Announcement of the Japanese Prime Minister and the Indonesian President on the Cooperation between the Two Countries on Disaster Reduction". Bentuk kerjasama yang diangkat meliputi Disaster Management, Tsunami Early Warning System (TEWS), Banjir bandang dan Building Code. Berdasarkan Joint Announcement ini telah dibentuk "Committee on Disaster Reduction" yang diketuai oleh Menko Kesra, sedangkan Kementerian Ristek adalah sebagai koordinator teknis. Dari 4 bidang kerjasama tersebut, yang sampai saat ini telah berjalan yaitu TEWS. Tiga bidang yang lainnya diharapkan dapat diimplementasikan dalam tahun 2007.


Diluar kerangka kerjasama yang ditetapkan dalam "Joint Announcement of the Japanese Prime Minister and the Indonesian President on the Cooperation between the Two Countries on Disaster Reduction", Kementerian Negara Ristek juga sebagai koordinator teknis Integrated Urban Disaster Management Project in Jakarta Metropolitan Area yang dibiayai oleh JBIC.

Kerjasama lain yang sedang diusulkan yaitu perlu adanya Medium Scale Planetarium di Pusat Peragaan Iptek, Jakarta dan di 4 Ibukota Propinsi lain di Indonesia berupa bantuan dalam bentuk Grant atau Technical Assistant dari Pemerintah Jepang dan Pembangunan Gedung melalui Program SWAP Indonesia-Jepang.